Per quanto ne so, nessun software può farlo subito, ma con un po 'di lavoro dovrebbe essere possibile.

Usa CYLview per creare un file povray, cambia gli atomi nel colore desiderato ed esegui il rendering con Povray. Il problema qui è che le coordinate del file xyz e del povray non sono le stesse. Ma per quanto posso dire, la numerazione rimane la stessa. Quindi, se il terzo atomo nel tuo xyz è questo:

  N -1.227679000 0.558365000 0.000000000  

la terza sfera nel file povray sarebbe così:

  sfera {<-1.9762436, 0.9491377, 0.0000000> 0.2812500 pigmento {color rgbt <0.4,0.4,1.0,0.00>} finitura {F_normal}  

Tutto quello che devi fare è cambiare il colore qui. Dovrebbe anche essere abbastanza facile automatizzare questo cambio di colore con alcune righe di codice.

Quindi puoi passare da questo

ad esempio questo

semplicemente cambiando il valore del colore mostrato sopra in

  pigment {color rgbt <0.2,0.8,1.0,0.00>}  

In realtà è molto semplice farlo con il software di visualizzazione gratuito OVITO (www.ovito.org), dove puoi colorare gli atomi in base a qualsiasi proprietà delle particelle che importi con la tua struttura (come nel tuo caso le cariche parziali) .

Importa semplicemente il tuo file .xyz con gli addebiti parziali aggiunti come colonna aggiuntiva. Durante l'importazione del file è possibile specificare quale colonna contiene quali informazioni, ad es. posizioni o carica. Quindi utilizza il modificatore Codifica colore e scegli "Carica" ​​come "Proprietà input". Ecco la voce manuale corrispondente: http://www.ovito.org/manual/particles.modifiers.color_coding.html e un esempio di come sarebbe:

Spero che questo aiuti!

Questo è facile da fare in Avogadro v1.x. Per qualsiasi tipo di display, puoi impostare lo schema dei colori, ad es. attraverso la finestra di dialogo delle impostazioni:

Quindi nella finestra delle impostazioni, scegli uno schema di colori:

Voilà, hai una molecola colorata da cariche parziali:

Se il file non arriva con addebiti parziali, puoi impostarli tramite Visualizza ⇒ Proprietà ⇒ Proprietà Atom:

Hai provato VMD link? È gratuito, aggiornato, funziona con i file in formato .xyz e ti consente di impostare l'addebito (o altre proprietà) come caratteristica sensibile al colore. Ecco un esempio che utilizza la coordinazione del legame (numero di vicini più vicini) in un cristallo (sebbene solo la superficie venga caricata per risparmiare memoria)

So che hai chiesto un file xyz, ma non è un problema convertirlo in un file mol2. E da lì in poi, puoi farlo usando Chimera.

Prendo la molecola di esempio dalla domanda collegata nella sezione dei commenti alla tua domanda. Il file mol2 corrispondente sembrerebbe qualcosa come questo:

  @ <TRIPOS>MOLECULEbla2.xyz 78 84 0 0 0SMALLGASTEIGER @ <TRIPOS>ATOM 1 N -0.2152 -3.6116 1.0136 -0.31 N.2 UNL1 -1.159281 3 H -1.0201 -4.5161 -1.2392 H 1 UNL1 0.451727 4 H 0.5924 -3.5332 3.4084 H 1 UNL1 0.466050 5 H 1.1383 -4.0685 -6.6623 H 1 UNL1 0.121348 6 ZN 1.0488 0.3616 1.4618 Zn 1 768 UNL1 1.026 C.2 1 UNL1 0.885122 8 C 0.4171 1.4943 5.4556 C.ar 1 UNL1 -0.158259 9 C -0.1860 2.7336 5.4577 C.ar 1 UNL1 -0.038223 10 H -0.3201 3.1852 4.6583 H 1 UNL1 0.111225 11 N 3.0298 0.2152 1.0137 N.ar 1 UNL1 -0.989702 12 N 2.9780 0.9072 -1.2690 N.pl3 1 UNL1 -1.323792 13 H 2.1252 1.0201 -1.2392 H 1 UNL1 0.552920 14 H 3.1082 -0.5924 3.4084 H 1 UNL1 0.599787 15 O 0.6110 1.4120 3.0769 O.3 1 UNL1 -0.805465 16 O 1.3256 -0.3161 4.2420 O.2 1 UNL1 -0.786727 17 C -0.8262 -0.8063 -9.1420 C.2 1 UNL1 0.932072 18 C -0.4171 -1.4943 -7.8689 C.ar 1 UNL1 -0.116686 19 C 0.1860 -2.7336 -7.8668 C.ar 1 UNL1 -0.092391
20 H 0.3201 -3.1852 -8.6663 H 1 UNL1 0.116237 21 O -0.6110 -1.4120 -10.2476 O.co2 1 UNL1 -0.908737 22 O -1.3256 0.3161 -9.0825 O.co2 1 UNL1 -0.838830 23 C -0.4875 -3.0059 -0.1834 C. 3 1 UNL1 1.029873 24 C 0.2178 -2.5742 1.7916 C.cat 1 UNL1 1.084450 25 N -0.2869 -1.7042 -0.1394 N.3 1 UNL1 -0.556339 26 N 0.1740 -1.4213 1.1643 N.pl3 1 UNL1 -0.669532 27 H -1.0626 -3.2357 -1.9987 H 1 UNL1 0.479136 28 N 0.5884 -2.7456 3.0646 N.pl3 1 UNL1 -1.219932 29 H 0.8222 -2.0668 3.5390 H 1 UNL1 0.535669 30 ZN -1.0488 -0.3616 -1.4618 Zn 1 UNL1 1.115312 31 C -0.8262 -0.26 .2 1 UNL1 0.930235 32 C -0.4171 -1.4943 -5.4556 C.ar 1 UNL1 -0.165126 33 C 0.1860 -2.7336 -5.4577 C.ar 1 UNL1 -0.068129 34 H 0.3201 -3.1852 -4.6583 H 1 UNL1 0.125910 35 C -3.6355 -0.4875 0.1834 C.ar 1 UNL1 1.112801 36 C -4.0672 0.2178 -1.79 ar 1 UNL1 1.089920 37 N -4.9372 -0.2869 0.1394 N.ar 1 UNL1 -0.669012 38 N -5.2201 0.1740 -1.1643 N.ar 1 UNL1 -0.683650 39 N -3.0298 -0.2152 -1.0137 N.ar 1 UNL1 -1.010564 40 N - 2.9780 -0.9072 1.2690 N.pl3 1 UNL1 -1.379275 41 H -3.4057 -1.0626 1.9987 H 1 UNL1 0.465316 42 H -2.1252 -1.0201 1.2392 H 1 UNL1 0.591458 43 N -3.8958 0.5884 -3.0646 N.pl3 1 UNL1 -1.359821 44 H - 4,5746 0,8222 -3,5390 H 1 UNL1 0,462374
45 H -3.1082 0.5924 -3.4084 H 1 UNL1 0.595021 46 O -0.6110 -1.4120 -3.0769 O.3 1 UNL1 -0.846291 47 O -1.3256 0.3161 -4.2420 O.2 1 UNL1 -0.789904 48 C 0.4875 3.0059 0.1834 C.3 1 UNL1 1.054807 49 C -0.2178 2.5742 -1.7916 C.cat 1 UNL1 1.079690 50 N 0.2869 1.7042 0.1394 N.3 1 UNL1 -0.596520 51 N -0.1740 1.4213 -1.1643 N.pl3 1 UNL1 -0.651619 52 N 0.2152 3.6116 -1.0137 N.2 1 UNL1 -0.982105 53 N 0.9072 3.6634 1.2690 N.3 1 UNL1 -1.153898 54 H 1.0626 3.2357 1.9987 H 1 UNL1 0.472248 55 H 1.0201 4.5161 1.2392 H 1 UNL1 0.448303 56 N -0.5884 2.7456 -3.0646 N.pl3 1 UNL1 -1.192789 H 0.8222 2.0668 -3.5390 H 1 UNL1 0.511494 58 H -0.5924 3.5332 -3.4084 H 1 UNL1 0.458606 59 C 0.5990 -3.3114 -6.6623 C.ar 1 UNL1 -0.253677 60 C -0.7385 -0.8939 -6.6623 C.ar 1 UNL1 -0.060650 61 H -1.1769 -0.0744 -6.66 H 1 UNL1 0.135692 62 C 0.8262 0.8063 9.1420 C.2 1 UNL1 0.921571 63 C 0.4171 1.4943 7.8689 C.ar 1 UNL1 -0.136263 64 C -0.1860 2.7336 7.8668 C.ar 1 UNL1 -0.033469 65 H -0.3201 3.1852 8.6663 H 1 UNL1 0.092 66 O 0.6110 1.4120 10.2477 O.co2 1 UNL1 -0.900753 67 O 1.3256 -0.3161 9.0825 O.co2 1 UNL1 -0.836472 68 C -0.5990 3.3114 6.6623 C.ar 1 UNL1 -0.299314 69 H -1.1383 4.0685 6.6623 H 1 UNL1 0.134260
70 C 0.7385 0.8939 6.6623 C.ar 1 UNL1 -0.048643 71 H 1.1769 0.0744 6.6623 H 1 UNL1 0.130420 72 C 3.6355 0.4875 -0.1834 C.ar 1 UNL1 1.071205 73 C 4.0672 -0.2178 1.7916 C.ar 1 UNL1 1.08531669 N 4.9372 0.28 0.1394 N.ar 1 UNL1 -0.660949 75 N 5.2201 -0.1740 1.1643 N.ar 1 UNL1 -0.672967 76 H 3.4057 1.0626 -1.9987 H 1 UNL1 0.459743 77 N 3.8958 -0.5884 3.0646 N.pl3 1 UNL1 -1.356568 78 H 4.5746 -0.8222 3.5390 H 1 UNL1 0.457166@<TRIPOS>BOND 1 21 17 ar 2 17 22 ar 3 17 18 1 4 20 19 1 5 18 19 ar 6 18 60 ar 7 19 59 ar 8 5 59 1 9 61 60 1 10 60 32 ar 11 59 33 ar 12 33 32 ar 13 33 34 1 14 32 31 1 15 47 31 2 16 31 46 1 17 57 56 1 18 44 43 1 19 45 43 1 20 58 56 1 21 56 49 1 22 43 36 1 23 76 12 1 24 27 2 1 25 49 51 1 26 49 52 2 27 36 38 ar 28 36 39 ar 29 2 3 1 30 2 23 1 31 12 13 1 32 12 72 1 33 38 37 ar 34 51 50 1 35 39 35 ar 36 52 48 1 37 72 74 ar 38 72 11 ar 39 23 25 1 40 23 1 1 41 74 75 ar 42 25 26 1 43 50 48 1 44 37 35 ar 45 35 40 1 46 48 53 1 47 11 73 ar 48 1 24 2 49 26 24 1 50 75 73 ar 51 42 40 1 52 55 53 1 53 53 54 1 54 40 41 1
55 24 28 1 56 73 77 1 57 28 4 1 58 28 29 1 59 77 14 1 60 77 78 1 61 15 7 1 62 7 16 2 63 7 8 1 64 10 9 1 65 8 9 ar 66 8 70 ar 67 9 68 ar 68 68 69 1 69 68 64 ar 70 70 71 1 71 70 63 ar 72 64 63 ar 73 64 65 1 74 63 62 1 75 67 62 ar 76 62 66 ar  

Noi aprilo con chimera e scegli Strumenti > Raffigurazione > Renderizza per attributo , scegli l'attributo da caricare e fai clic su Applica . Ciò si traduce in una struttura colorata dai suoi addebiti parziali.