Secondo il sito web, Open Babel dovrebbe fare il trucco: Documentation - SMILES, Sourceforge.

Per esempio, il codice seguente ti darà un file SVG pulito della molecola benzene:

  obabel -: "c1ccccc1" -O benzen.svg  

Se hai problemi a usarlo, puoi chiedere in modo più specifico.

In alternativa, puoi utilizzare una query web dall'istituto nazionale del cancro. È facilmente accessibile con il seguente codice

  http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/"structure identifier "/" rappresentanza " 

Ad esempio: benzene, "structure identifier" = c1ccccc1 , "presentation" = image .

Un altro la soluzione open source, dove puoi esportare direttamente la struttura in un editor molecolare è Avogadro. (Tuttavia utilizza Open Babel.)

A seconda del problema reale, tuttavia, potrebbero già esserci routine più avanzate.

Oltre alle altre buone risposte, consiglierei rdkit , un software open source e disponibile gratuitamente per la chemioinformatica. La maggior parte delle persone usa rdkit tramite la sua interfaccia Python.

Ecco alcune nozioni di base su rdkit :

1. La base del codice è disponibile in GitHub, qui.
2. La licenza è abbastanza permissiva; non devi preoccuparti del tipo di lavoro (commerciale, personale o accademico) che stai svolgendo.
3. L'API Python semplifica l'uso di rdkit , ma tutto il core le funzioni sono scritte in C ++, rendendolo veloce ed efficiente. L'API Python fornisce l'accesso a queste funzioni in Python, rendendolo flessibile e facile da imparare. Se ti capita di parlare fluentemente in C ++, è disponibile un'API C ++.
4. Fa molto di più che convertire SMILES in strutture; guarda alcuni esempi qui.

Ecco un modo per convertire un SMILES in una struttura in rdkit.

  da rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import Drawimport matplotlib.pyplot as plt% matplotlib inlinepenicillin_g_smiles = 'CC1 ([C @@ H] (N2 [C @ H] (S1) [C @@ H] (C2 = O) NC (= O) Cc3ccccc3) C (= O) O) C'penicillin_g = Chem.MolFromSmiles (penicillin_g_smiles) Draw.MolToMPL (penicillin_g, size = (200, 200))  

Ecco un'immagine del codice e l'immagine risultante.

Per coloro che desiderano convertire alcune stringhe SMILES in immagini, è anche possibile utilizzare l'utilità Depict basata su CDK 1.5 di John May ( www.simolecule.com/cdkdepict/, GitHub). Fornisce varie opzioni e output di grafica vettoriale scalabile (che può essere facilmente convertita in altri formati).

Ad esempio, caffeina con titolo: https://www.simolecule.com/cdkdepict/depict /bow/svg?smi=CN1C%3DNC2%3DC1C(%3DO)N(C(%3DO)N2C)C%20caffeine&abbr=on&hdisp=bridgehead&showtitle=true&zoom=1.6&zoom=campo

Pertanto, con l'API web di base puoi creare uno script per convertire anche tutte le stringhe SMILES, ad es. utilizzando il pacchetto RCurl. Questo post di StackOverflow spiega come convertire SVG in altri formati.

Tuttavia, poiché probabilmente preferisci una soluzione basata su R pura, dai un'occhiata al pacchetto rcdk.

Sono sorpreso che tu abbia avuto difficoltà a trovare un toolkit: la licenza deve essere MIT o permissiva? Immagino che utilizzerai questo nel software che stai creando, piuttosto che una conversione dei dati una tantum?

Ad esempio, OpenBabel (C ++), Chemistry Development Kit (Java), ecc - inoltre, il CDK può interfacciarsi con R - sembrerebbe soddisfare le tue esigenze?

In Python potresti provare pysmiles.
Partendo dalla descrizione SMILES dovresti essere in grado di creare un oggetto grafico NetworkX con codice sulla falsariga di

  da pysmiles importa read_smilesimport networkx come nxsmiles = 'C1CC [13CH2] CC1C1CCCCC1'mol = read_smiles (sorrisi)