Questa è un'ottima domanda. Per favore correggimi se sbaglio, ma penso che questo sia ciò a cui stai afferrando:
Primo, è vero che i carbocationi terziari sono generalmente più stabili dei carbocationi primari (e secondari) a causa del donando in modo più induttivo gruppi alchilici. L'effetto iperconiugativo può anche essere invocato per spiegare le stabilità relative dei carbocationi primari, secondari e terziari.
In secondo luogo, gli stati di transizione che coinvolgono i carbocationi terziari rispetto ai carbocationi primari sono più favorevoli proprio perché i carbocationi terziari sono più stabili dei carbocationi primari.
Nota che questo non significa che i carbocationi terziari siano più reattivi. Generalmente non diciamo che qualcosa che esiste in uno stato di transizione è reattivo / non reattivo. Uno dei motivi è che il complesso dello stato di transizione non può essere catturato o osservato direttamente. Un altro motivo è che è lo stato di transizione ... ovviamente sarà reattivo - ovviamente cambierà molto rapidamente!
Possiamo tuttavia affermare che i reagenti e i prodotti sono reattivi o non reattivi. Quindi, se qualcosa passa attraverso uno stato di transizione che coinvolge un carbocatione terziario, potrebbe essere più reattivo di qualcosa che attraversa uno stato di transizione che coinvolge un carbocatione primario.
Ovviamente, prima di etichettare qualsiasi cosa come reattiva o non reattiva, faresti bene a notare esattamente cosa intendi per reattività. Per dirla alla leggera, ci sono una miriade di reazioni. Un alchino come l'acetilene è reattivo rispetto alla combustione; le torce ad acetilene sono comuni. Tuttavia, l'acetilene non sarà reattivo per quanto riguarda, ad esempio, l'attacco sul retro (per una serie di motivi).
In definitiva penso che il tuo problema risieda nella semantica piuttosto che nella chimica ... comunque, una buona domanda!